進出口商品的分類和關稅率
1987年之前，日本作為海關合作理事會關稅稅則目錄(CCCN)協議的簽約國，在外貿進出口商品分類方面一直使用CCCN分類系統。從1988年1月1日起，日本開始采用編碼協調制(HS)系統。
關稅率由“海關稅率法”確定并予以公布。在發達國家中，日本的平均關稅率比較低，特別是工礦產品的平均稅率只有2.1%。
關稅的減免、退還和償還
(1)減免
日本的關稅減免有“有條件減免”和“無條件減免”兩種形式。有條件關稅減免又分為“限制性減免”和“普遍減免”，享受何種待遇主要取決于貨物進口后的用途。此外，關稅減免又可分為“永久性減免”和“臨時性減免”，這主要取決于所依據法律的穩定性。
有資格申請關稅減免的進口商是有限制的，而且對經關稅減免后進口貨物的使用和用途有較嚴格的限制。
(2)退還
預付關稅后，發現貨物符合減免部分或全部關稅的規定，允許退還部分或全部關稅。目前，日本的退稅對象主要適用于被退回或被毀壞的貨物，以及為生產出口產品所進口的原材料等。
(3)償還
關稅償還與退還相似，二者的區別在于：關稅退還的對象為關稅交納者，而償還則不一定必須付給實際納稅人，也可償還給法律事務所指定的人。
