一、進口單證
1.商業發票肯尼亞海關可接受兩張以運輸者為箋頭的普遍商業發貨單的英文復印件。發貨單需包括保證報關的充足信息。發貨單必須寫明貨物數量、原產國，貨物在原產國的市場價格，貨物和等級及價值、進口許可證號、附加全部包裝費、保險費進口許可證號并寫入發貨單。值得注意的是，所有有關運往肯尼亞的貨物的單證必須采用公制單位測量重量及其它指標。
2.海運提貨單海運提貨單一般應注明船主姓名、收件人姓名、地址、目的港、貨物種類描述、運費及其它費用的清單、完整的提貨單的編號并有貨運公司開出的承運貨物收據的日期及簽字。所有這些內容應與發貨單及包裝上的相關內容完全一致，以保證按時清算。該單有兩個副本，一份供交納關稅用，另一份供外幣兌換用。在采用空運時，以空運提貨單替代海運提貨單。
3.海關估價單海關估價單需要三個估價單的副本。該單應包括有關貨物完整、綜合的目錄及描述、裝船國、運輸方式、買方與賣主的姓名、地址、離岸價、到岸價及運費等。海關估價單一般由進口商填制，然后交肯尼亞海關確認并批注。
4.衛生及健康證明書進口動物受制于隔離管制條例，且只可在指定港口入境。每只進口的動物必須持有由合格獸醫的開具的證明其在出口時無疾病的證明書。進口植物枝干、種子時應有由農業部開具的進口特許。進口舊服裝時，必須出具服裝未沾染病菌的證明。
二、進口關稅
肯尼亞進口關稅稅率從0%至40%。進口用于生產出口商品的產品可獲減稅。園藝產品及農產品的出口商可免于交納出口貨物進口關稅、增值稅。所有費用及關稅可用肯尼亞先令支付，匯率一般采用官方匯率。肯尼亞對于多數進口商品，要征收10%的附加稅，對于糖、甜菜、烈性酒精、卷煙、煙葉、葡萄酒、礦泉水、餅干、肥皂、絲毛織物、大型車輛、裝卸設備、涂料、光漆、搪瓷還要征收消費稅。對于樣品和廣告材料，免稅進口。
三、進口管道
肯尼亞實行進口許可證制。進口商必須獲得由商業部和中央銀行聯合頒發的進口許可證或外匯分配許可證方準進口。為保護民族工業，肯尼亞對進口商品劃分為四類：
1.最優先進口，包括藥品、原料、零配件、農用物資、重要設備。為出口商品所需物資自動簽發許可證。
2.次優先進口，視外匯儲備情況決定是否簽發許可證，若外匯充裕，可作為最優先進口。
3.須經主管部門批準后再簽發許可證。
4.本國可生產、有替代產品、奢侈品等，嚴格掌握發放許可證。此外，根據商品性質，研究許可證的有效期。許可證有效期為6個月或3個月，逾期可再申請延長一次。
四、入境、倉儲與轉口
供消費、倉儲、航運或轉運的貨物入境手續必須在船只到港后的規定時間內完成。在入境港口無人領取的貨物在開始卸船的21天后將被運往海關倉庫。若3個月后且已在政府公報上刊登廣告仍無人提貨，則貨物將被拍賣。因轉口進入肯尼亞的貨物可以依保護合同通過肯尼亞并由海關管理至再出口為止。由轉船入境的貨物可直接由進口船轉船，或在適當的海關官員允許的條件下于21天內辦理轉船。由船運和依合同轉船而入境的貨物可由海關貨棧直接再出口而無需支付進口關稅。轉口貨物的關稅只有在保證會按原金額退還的條件下才支付。
五、內羅畢進口加工區
肯尼亞無自由貿易區，但有內羅畢出口加工區。該加工區向投資者承諾提供的鼓勵措施包括：免除全部關稅、增值稅、銷售稅，所得稅，以及擁有百分之百的外資所有權。出于制造以及商業目的，該區允許存在信息業、經紀人及維修業。其它出口加工區正在內羅畢南部和蒙巴薩地區進行建設，在1998年10月建成。
