(1)申報進料加工貨物發生實際進出口時，進出口申報應向 海關 遞交下列 單證 ： ①進出口貨物 報關單 （粉紅色）一式4份；②《登記手冊》；③貨物的運單、發票、裝箱單；④ 海關 認為必要的其他 單證 。
(2)接受查驗。
(3)辦理征免稅手續。
(4) 海關 對進料加工進出口貨物的監管規定。對進料加工進出口貨物，海關區別情況，按以下規定進行監管：
①保稅工廠和備料保稅倉庫。如經營單位所屬企業專門加工出口產品的工廠、車間或經營單位本身擁有專門儲存進口料件和加工成品的倉庫，建有健全的專用帳冊、專人管理制度，并具備海關嚴密監管條件的，海關可以批準其建立保稅工廠或備料加工保稅倉庫，其料件進口進先予保稅，加工后對實際出口部分所耗進口料件予以免稅，不出口部分予以征稅。
②對口合同。對簽有料件進口和加工成品出口的對口合同（包括不同客戶的聯號合同）的進料加工，經主管海關批準，可對其進口料件予以保稅，加工后對實際出口部分所耗進口料件予認免稅。
③按比例征稅。對不具備上述①、②項條件的進料加工項下的進口料件，海關根據《進料加工進口料件征免稅比例表》的規定，分別按85%或95%作為出口部分免稅，15%或5%作為不能出口部分照章征稅，如實際不能出口部分多于或少于已征比例，經海關審核無訛后，分別予以補稅或退稅。
④全額征稅， 出口退稅 。對有違反海關規定行為的經營單位和加工生產企業，海關認為必要時，對其進口料件，在進口時先予征稅，待其加工復出口后按其實際所耗的進口料件予以退稅。
⑤對國外客戶免費提供或者有價提供有關進料加工復出口商品所需進口數量零星的輔料、包裝物料以及數量合理、直接用于服裝生產車間的打扣工具和膠針槍等小型易耗性生產工具，海關予以免稅。為簡化手續，海關憑簽章的合同副本，辦理上述物料的免稅登記手續，不再核發《登記手冊》。
⑥進料加工項下進口的料件，應自進口之日起1年內加工成品返銷出口。如有特殊情況需要延長期限的，應向主管海關申請延期。延期不得超過1年，逾期仍不能復運出口，應按一般貿易辦理進口手續。
⑦已在海關登記備案的合同，如發生變更、轉讓、中止、延長、撤銷等情況，經營單位應于料件進口前，據實向主管海關辦理變更或撤銷手續。
⑧出口合同中規定由國外客戶免費或有價提供的原輔料和物料，加工成品后，如有剩余，由經營單位提出申請，海關同意后，可以轉入其他出口合同繼續加工出口，如有內銷，應及時補交關稅和進口環節稅。
⑨進料加工項下的加工成品，原則上不宜以易貨方式出口，但如不能按計劃出口，需采取易貨方式銷往獨聯體、東歐國家的，應由有關外貿公司向外經貿主管部門報告，由外經貿主管部門報外經貿部有關司核準，海關憑該司批件驗放。
⑩進料加工項下的加工成品，對外成交結匯后應實際離境出口，不允許外商委托我境內加工企業或外貿經營單位將成品直接從我境內運往獨聯體、東歐國家。
⑾進料加工合同項下免稅進口的料件，應堅持專料專用，不得與國內其他料件串換使用。在特殊情況下，因加工出口成品急需，擬使用國內同品種、同規格、同等數量的原材料頂替進口原材料，并無出售盈利賺取差價等問題，應事先報主管海關核準。
⑿海關對有色金屬、黑色金屬、棉花紡紗行業的進料加工，因生產工藝必須與國內其他料件串換使用，有以下規定：
一是工藝性料件串換，經營單位應經主管海關核準，并具備保稅工廠監管條件；
二是工廠要健全管理制度，按海關要求建立帳冊、記錄投料與產出時間備查。不允許先出口后進口，或不經加工在國內收購產品出口。不允許倒賣進口料件。
三是出口成品中，屬于搭配使用國產原料加工出口部分，如屬應征出口稅的，可予免稅。
四是對進料加工出口產品，出口企業向海關申請進料免稅之前，須持外經貿主管部門的批件，送主管 出口退稅 稅務機關審核蓋章，并將批件復印留存備查。產品出口時，企業應增填一份“ 出口退稅 貨物專用 報關單 ”。對出口企業 報關出口 但不實際離境的產品，不予辦理退稅。
五是凡經營金銀制品的進料加工企業，所需金銀進口時，應向海關提供中國人民銀行總行，或其授權的分行的批件，否則，海關不予放行。
六是根據外經貿部規定，下列商品開展進料加工需經外經貿部審批，海關憑外經貿部批件及其他有關文件辦理登記備案手續；
a.禁止出口商品;b.軍民通用化學品;c.易制毒化學品;d.重水;e.食糖的進料加工需報外經貿部審批，但不包括以進口白糖為部分原料加工食品、糧食制品復出口的業務。對以進口白糖（包括砂糖、棉白糖等）為部分原料加工食品、糧食制品復出口的業務，批量進口在500噸以上，或年進口量超過1000噸的，由有關外貿總公司、工貿公司或地方外經貿委報外經貿部審批。限額以內的仍按原管理辦法辦理有關手續。經營單位應簽訂進出口對口合同，原料進境后加工復出口期限不得超過半年。f.開展銅及銅基合金、食糖、新聞紙、原油（成品油）、鋼鐵、生鐵、鋅錠、鋁及鋁基合金的進料加工業務憑外經貿部的批件進行審批管理。
