檢驗檢疫制度：國家出入境檢驗檢疫局與海關總署從2000年1月1日起實施新的檢驗檢疫貨物通關制度，通關模式為“先報驗，后報關”。同時出入境檢驗檢疫部門將啟用新的印、證書。
新的檢驗檢疫制度對原衛檢局、動植物局、商檢局進行“三檢合一”，全面推 行“一次報檢、一次取樣，一次檢驗檢疫，一次衛生除害處理，一次收費，一次發證放行”的工作規程和“一口對外”的國際通用的新的檢驗檢疫模式。而從2000年1月1日起，對實施進出口檢疫的貨物啟用“入境貨物通關單”和“出境貨物通關單”，并在通關單上加蓋檢驗檢疫專用章，對列入《出入境檢驗檢疫機構實施檢驗檢疫的進出口商品目錄》范圍內的進出口貨物（包括轉關運輸貨物），海關一律憑貨物報關地出入境檢驗檢疫局簽發的“入境貨物通關單”或“出境貨物通關單”驗放，取消原“商檢、動植檢、衛檢”以放行單、證書及在報關單上加蓋放行章通關的形式。同時， 正式啟用出入境檢驗檢疫證書，原來以“三檢”名義對外簽發的證書自2000年4月1日 起一律停止使用。
同時，從2000年起對外簽訂合同、信用證時都要按新制度辦事。
海關要求報關單位出具“入境貨物通關單”或“出境貨物通關單”，一方面是監督法定檢驗商品是否已經接受法定的商檢機構檢驗；另一方面是取得進出口商品征稅、免稅、減稅的依據。
根據《中華人民共和國進出口商品檢驗法》以及《商檢機構實施檢驗的進出口商品種類表》規定，凡列入《種類表》的法定檢驗的進出口商品，均應在報關前向商品檢驗機構報驗。報關時，對進出口商品，海關憑商檢機構簽發的“入境貨物通關單”和“出境貨物通關單”進口貨物報關單上加蓋的印章驗收。
除上述單證外，對國家規定的其他進出口管制貨物，報關單位也必須向海關提交由國家主管部門簽發的特定的進出口貨物批準單證，由海關查驗合格無誤后再予以放行。諸如藥品檢驗，文物出口簽定，金銀及其制品的管理，珍貴稀有野生動物的管理，進出口射擊運動、狩獵用槍支彈藥和民用爆破物品的管理，進出口音像制品的管理等均屬此列。
（二）進出口貨物的查驗
進出口貨物，除海關總署特準查驗的以外，都應接受海關查驗。查驗的目的是核對報關單證所報內容與實際到貨是否相符，有無錯報、漏報、瞞報、偽報等情況，審查貨物的進出口是否合法。
海關查驗貨物，應在海關規定的時間和場所進行。如有特殊理由，事先報經海關同意，海關可以派人員在規定的時間和場所以外查詢。申請人應提供往返交通工具和住宿并支付費用。
海關查驗貨物時，要求貨物的收、發貨人或其代理人必須到場，并按海關的要求負責辦理貨物的搬移、拆裝箱和查驗貨物的包裝等工作。海關認為必要時，可以徑行開驗、復驗或者提取貨樣、貨物保管人應當到場作為見證人。
查驗貨物時，由于海關關員責任造成被查貨物損壞的，海關應按規定賠償當事人的直接經濟損失。賠償辦法：由海關關員如實填寫《中華人民共和國海關查驗貨物，物品損壞報告書》一式兩份，查驗關員和當事人雙方簽字，各留一份。雙方共同商定貨物的受損程度或修理費用（必要時，可憑公證機構出具的鑒定證明確定），以海關審定的完稅價格為基數，確定賠償金額。賠償金額確定后，由海關填發《中華人民共和國海關損壞貨物、物品賠償通知》，當事人自收到《通知單》之日起，三個月內憑單向海關領取賠款或將銀行帳號通知海關劃撥，逾期海關不再賠償。賠款一律用人民幣支付。
（三）進出口貨物的放行
海關對進出口貨物的報關，經過審核報關單據、查驗實際貨物，并依法辦理了征收貨物稅費手續或減免稅手續后，在有關單據上簽蓋放行章，貨物的所有人或其代理人才能提取或裝運貨物。此時，海關對進出口貨物的監管才算結束。
另外，進出口貨物因各種原因需海關特殊處理的，可向海關申請擔保放行。海關對擔保的范圍和方式均有明確的規定。
