1.對出口貨物管理
塞海關根據《海關法》和《關稅及國內消費稅法》及政府各有關部門頒布的進出口政令或進出口許可商品目錄，對進出口貨物進行監管。對于目錄內產品的進出口需有相關部門發放的進出口許可(證)，海關方予以放行。
2.對自由區、保稅工廠、保稅倉庫貨物的監管
(1)根據《自由區法》及《自由區關稅條例》，塞對進出自由區的貨物進行嚴格管理。貨物運進或運出自由區須持有關稅局局長批準并經地方海關官員確認的報關單；運進自由區的貨物須出示入境證，并按清關時的稅率繳納關稅和國內消費稅。自由區內企業生產所需進口機器設備、原材料免繳關稅。自由區加工產品進入塞本地市場按其應稅價值，以最惠國關稅的最低稅率(即歐盟成員國關稅)繳納進口關稅。
(2)保稅工廠產品只供出口。其生產所需進口機器設備及中間產品、包裝材料等可有條件地減免關稅。
(3)保稅倉庫有政府建立的，也有私人建立的。私人保稅倉庫需交初建費1萬塞鎊和2000塞鎊的年許可費。存放在保稅倉庫的貨物無需繳納關稅、難民稅及消費稅。進入市場按清關進口稅率繳納關稅、難民稅及消費稅；如用于出口、復出口，則免繳。
3.對海外公司的海關管理
為鼓勵外國投資者來塞，塞對海外公司及其外國雇員予以一定關稅減免優惠政策。享受減免稅待遇的主要條件有：
*公司辦公室與居住場所分開，有通常的辦公通訊設備，有上班人員等；
*可享受免稅待遇的外國雇員年薪應在12000塞鎊以上。
海外公司可向關稅局局長提出書面申請，在滿足上述條件后，由局長簽發確認書，即可獲得免稅待遇。其中免稅商品包括：
*小汽車、客貨兩用車、越野車、9座以下面包車；
*耐用辦公設備，如復印機、打字機、計算機等；
*耐用家庭消費品，如電視機、錄像機、洗衣機、冰箱、家用紡織品、廚房用具等等。
4.對旅客進出境的管理
海關對入境旅客實行檢查和免檢的雙重通道申報。允許攜帶入境的免稅物品有煙草250克、葡萄酒750毫升、烈酒1升、香水15毫升等。不得攜帶超過50塞鎊的塞幣現金。攜帶外匯現鈔及旅行支票不受限制，但外國旅客攜帶外匯現鈔金額超過1000美元的，必須申報。本國居民出境攜帶塞鎊旅行支票、匯票或外匯現金，一般不得超過450塞鎊。
5.其它
入境者(塞本國居民在境外連續時間超過72小時)允許免稅進口的商品主要有：個人用衣物、珠寶、手提電話、照相機、錄像機、專業用具等。如該入境者過去2年內在塞逗留時間不超過1年，可免稅進口供其在塞期間(不超過1年)自用車輛一輛。對臨時進口的產品，如：商業樣品、廣告宣傳材料、展覽會用商品、臨時在塞修理及加工產品，暫免關稅。
關稅計征制度
1.關稅計征
根據關稅合作理事會所編制的商品協調編碼系統，塞制定了本國稅則，作為塞浦路斯管理關稅的依據。進口貨物關稅征收以到岸價為基礎。首先根據商品的狀況、成份、用途確定商品稅目分類，然后根據當地法律規定，確定商品計征稅率。塞浦路斯現行8位編碼關稅稅目共10500條，多數稅目下的商品按從價稅征收，同時政府根據具體需要，也實行特定關稅(從量稅)、混合關稅(從價稅與從量稅混合)及替代關稅(兩者取其高)，主要用于征收農產品的進口稅，這部分稅目約占總稅目的12%。對某些魚類、切花、水果及蔬菜，還可適用季節關稅。現在除個別重要的進口產品(如西紅柿)外，多數季節關稅在不同季節的稅率并無實際差別。
2.關稅約束義務
作為執行烏拉圭回合談判的一部分，塞浦路斯對約80%的工業產品的約束稅率為40%，但不包括一些旨在保護本地工業的產品(4位數的稅目有
156個)。1998年1月1日起，塞進入與歐盟的《關稅同盟協定書》的第二階段，對于協定書的產品，與歐盟之間實現零關稅，塞工業產品在遵守《原產地規則》(當地增值25%以上)的前提下，不受數量限制免稅進入歐盟市場。但塞對未列入《關稅同盟協定書》的個別敏感性商品，如水泥、紙板、水泵等產品的進口，仍實行進口附加稅，按《關稅同盟協定書》承諾的關稅減免表征收。對歐盟以外產品，則采取與歐盟一致的共同對外關稅。
3.關稅減免
1996年初，塞浦路斯取消配額限制后，大幅提高農產品關稅，從100%到350%不等。但進口稅的減免政策也有相應調整。按1996年的《海關及國內消費稅法》規定，對部分進口商品，按不同情況，實行減免稅。
海關通關程序
1.申報
進出口貨物可由貨主自行報關，但為便利起見，貨主通常委托經海關批準的報關行報關。報關文件主要有：報關單、發票、箱單、提單等。
2.查檢放行
進出口商向海關申報各種報關單證后，海關審查單證，征收關稅，到貨場驗貨。單證與貨物核對無誤后，即可放行。通常，進口貨物在到貨當天即可清關；出口貨物報關幾小時就能辦理完畢。估計不久對所有的海關手續將實現電腦化。
1989年起，塞浦路斯開始實施《海關估價準則》。海關對約10%的進口貨物(通常是高關稅貨物)進行隨機抽檢。進口商需提交報關單，內容包括發票值、運保費及其他直接或間接費用，以證明申報商品的價值。如海關對發票內容有疑問，進口商可先交保證金清關，等候調查結果；同時，此發票將被送往出口國查證。如對海關作出的決定不服，可向上一級法院上訴。
海關其它職能與規定
關稅局除負責管理海關事務外，還管理各種間接稅的征收。這些稅收除關稅外，還包括國內消費稅、臨時難民稅(TRL)及增值稅等。關稅局征得的稅收在政府歲入中占相當的比重，以1998年為例，進口關稅占政府歲入的12.8%，國內消費稅占15.1%，增值稅占19.5%。
1.國內消費稅
對本國產品及進口產品征收的國內消費稅是同等的(香煙除外，最惠國產品的稅率為本國及歐盟產品的兩倍)。主要征稅商品是煙、酒、石油產品、汽車、皮衣等，稅率為10%-40%不等。該項稅賦僅次于增值稅，是塞第二大間接稅收入。
2.臨時難民稅
3.增值稅
